یکی از چالش‌‌‌های مهم نظام مالیاتی در ایران، عدم‌رعایت اصل عدالت، در این نظام است. از رعایت اصل عدالت در نظام مالیاتی به‌عنوان یکی از اصول بنیادی ۱۲گانه برای طراحی نظام مالیاتی بهینه یاد می‌شود. براساس این اصل مودیانی که در موقعیت درآمدی مشابهی هستند باید به نحو مشابهی مشمول مالیات شوند.
به این ترتیب که دو مودی با توانایی یکسان برای پرداخت باید مقدار یکسانی مالیات بپردازند (عدالت افقی) و اگر یک مودی مالیاتی نسبت به سایر مودیان، توانایی بیشتری برای پرداخت داشته باشد، باید مالیات بیشتری بپردازد (عدالت عمودی). با این حال نظام مالیاتی موجود در ایران، نظام مالیاتی ناعادلانه، هم در سطح افراد و هم در سطح کسب‌وکارهاست. این نظام در سطح اشخاص و افراد ناعادلانه است؛ زیرا برخلاف اکثر کشورهای دنیا که مشغول پیاده‌سازی نظام جامع مالیات بر درآمد هستند، نظام مالیاتی موجود در ایران یک نظام تفصیلی است که برخوردهای مالیاتی با انواع پایه‌‌‌های درآمدی، تبعیض‌‌‌آمیز است. به‌طور مثال فردی که درآمد ۱۰میلیون تومانی از سود سپرده‌‌‌های بانکی به دست می‌‌‌آورد مشمول مالیات نیست، در حالی که شخصی با درآمد حاصل از نیروی کار باید دست‌‌‌کم ۱۰درصد از درآمد خود را به عنوان مالیات بپردازد.
این نظام در سطح کسب‌وکارها نیز برخورد ناعادلانه دارد؛ زیرا برخورد نظام مالیاتی با کسب‌وکارهای مختلف، متفاوت است. برای نمونه اگر فرد سرمایه خود را به یک‌شرکت تولیدکننده محصولات غذایی اختصاص دهد مشمول مالیات بر سود شرکت‌ها با نرخ ۲۵درصد خواهد بود، در حالی که اگر سرمایه‌‌‌اش را به ساخت و فروش ساختمان اختصاص دهد مشمول مالیات بر درآمد نیست و طبق ماده «۵۹» ق.م.م. هنگام نقل و انتقال املاک به ماخذ ارزش معاملاتی با نرخ ۵درصد مشمول مالیات است. البته براساس ماده «۷۷» ق.م.م. در صورتی‌‌‌که واحد مورد نظر نوساز باشد ۱۰درصد دیگر به همان ماخذ، مشمول مالیات می‌شود اما عایدی حاصل از ساخت و فروش مشمول مالیات نیست. در حال حاضر براساس بند «۸» بخشنامه ۲۰۰/ ۱۴۰۲/ ۵ مصوب امسال سازمان امور مالیاتی کشور، با توجه به بند «و» تبصره «۱۲» قانون بودجه سال ۱۴۰۲کل کشور، مقرر شده که «کلیه پرداخت‌‌‌ها به افراد در قبال ارائه خدمت در دستگاه‌‌‌ها (اعم از بخش دولتی یا غیردولتی) تحت هر عنوان از جمله ساعتی، روزمزد، قراردادی، حق‌‌‌التدریس، حق‌‌‌التحقیق، حق‌‌‌الزحمه، حق نظارت، حق‌‌‌التالیف و پاداش شورای حل اختلاف، مشمول بند «و» تبصره ۱۲ قانون بودجه ۱۴۰۲ هستند».